L’existence de flores commensales, qu’elles soient digestive, cutanée, vaginale, sinusienne ou oropharyngée, est établie depuis plusieurs décennies et l’impact de leur composition, en termes de richesse et de diversité, sur l’état de santé de l’hôte est clairement reconnu.

Même si Louis Pasteur suggérait déjà en 1860 que les voies aériennes ne pouvaient être stériles du fait que l’air inhalé contenait des bactéries viables et qu’un individu sain en inhalait 7 000 litres par jour, encore récemment les bronches des sujets sains étaient considérées comme stériles.