Ebola : nouveaux cas au Liberia, des chercheurs retracent la diffusion du virus depuis son apparition en Guinée

Plus de 3 mois après avoir été déclaré par l’OMS débarrassé du virus Ebola, le Liberia doit faire face à de nouveaux cas, le premier chez un adolescent de 17 ans décédé dans un village à proximité de la zone aéroportuaire, au sud-est de Monrovia. Au moins deux autres cas ont été confirmés parmi la centaine de cas contacts identifiés. Ce retour de l’épidémie – c’est le 9 mai, 42 jours, soit deux fois la durée maximale d’incubation après l’enterrement le 28 mars du dernier cas connu, interroge ce d’autant que, selon l’OMS, son origine est « inconnue à ce stade », l’adolescent n’ayant pas voyagé récemment, ni eu de contact avec des voyageurs en provenance de Guinée ou de Sierra Leone ou participé à des funérailles de victime d’Ebola, les deux autres pays touchés depuis l’apparition du virus au Sud de la Guinée en décembre 2013.

Les chercheurs de l’Institut Pasteur de Dakar et de Paris, du CNRS et de l’université de Sydney viennent de publier dans « Nature » les résultats du séquençage du génome de souches du virus Ebola circulant en Guinée. Leurs travaux qui permettent de retracer la diffusion du virus et de suivre son évolution dans le pays où a commencé l’épidémie, mettent en évidence une co-circulation de 3 variants.

Co-circulation de 3 variants

Le premier variant (GUI-1) est très proche des premiers échantillons datant du début de l’épidémie en mars 2014. Ce variant se retrouve uniquement en Guinée, à la fois dans les régions urbaines (Conakry) et les régions forestières. Le deuxième variant (GUI-2) présente un lien de parenté avec des virus circulant en Sierra Leone mais pourrait correspondre à des virus ayant évolué parallèlement en Guinée. Ces séquences représentent, selon les chercheurs, le chaînon manquant ayant mené aux deux introductions d’Ebola au Mali, en octobre et novembre 2014. Le troisième variant (SLE-GUI-3) a été détecté à Conakry et dans des villes voisines (Forecariah, Dalaba, Coyah). Ses très grandes similarités avec des virus trouvés en Sierra Leone s’ajoutent aux données épidémiologiques pour mettre en lumière de multiples réintroductions du virus Ebola depuis la Sierra Leone vers la capitale Guinéenne. Chaque variant est défini par une combinaison de mutations affectant différentes protéines du virus comme la protéine VP35 qui pourrait être un facteur de virulence ou la glycoprotéine d’enveloppe du virus.

« La caractérisation des variations génétiques du virus est cruciale pour s’assurer de l’efficacité continue des outils de diagnostic, et pour le développement de traitements et de vaccins efficaces », soulignent les chercheurs.