Le ministère de la Santé estimait qu’il n’y avait pas urgence pour le Conseil d’État à statuer, car les requérants pouvaient réorienter leur activité. Le ministère a répété sa conviction d’un danger ou d’une suspicion de danger de ces techniques pour la santé humaine. D’autant que, étant effectuées sur des personnes en bonne santé, « la préoccupation sécuritaire doit primer et le degré d’acceptabilité des risques encourus doit être minimal ». Le ministère rejette les soupçons de conflit d’intérêt pour les membres de la Haute Autorité de santé.