Pour concilier les besoins en tests diagnostics de l'infection par le SARS-CoV-2 et les tensions d'approvisionnement en produit de PCR (réactif notamment), plusieurs équipes de recherche proposent de grouper les prélèvements de plusieurs personnes dans une seule amplification PCR, et de ne réaliser des tests individuels que si l'un de ces « tests groupés » (« pooled tests ») est positif.
Dans une correspondance publiée dans le « Lancet Infectious Disease », des chercheurs du centre médical universitaire de Saarland, à Hambourg, décrivent une stratégie de dépistage qui s'appuie sur des tests groupés de 30 personnes asymptomatiques ayant été en contact avec des patients dont l'infection a été confirmée. En cas de positivité, trois nouveaux tests sont menés, chacun chacun sur un sous-groupe de 10 personnes. Des tests individuels ne sont réalisés que sur les échantillons issus des groupes de 10 testés positifs. Ainsi, seulement 12 PCR au lieu de 30 sont réalisées pour détecter un seul cas confirmé, au sein d'un groupe de 30 cas possibles.
Deux fois moins de PCR
Au cours du mois de mars 2020, les médecins allemands ont appliqué cette stratégie sur 1191échantillons rassemblés en 267 tests groupés, au sein desquels 23 étaient positifs. La prévalence était donc de 1,93 %, pour un taux de test positif de 4,24 %, ce qui signifie que le nombre de PCR pratiquées a été divisé par 2,2. Les auteurs ne mentionnent pas dans leur correspondance l'existence de faux négatif dans leurs travaux, mais mettent en garde contre les « résultats à la limite de la positivité » qui pourraient échapper à la détection dans de vastes échantillons.
Ce fut notamment le cas quand l'échantillon comprenait des patients en cours de convalescence après une infection symptomatique. Ils estiment cependant que cette stratégie de dépistage est efficace pour des groupes de 30 échantillons, « peut être adaptée aux différents scénarios d'infection et est optimisée pour faire face aux pressions qu'exerce la pandémie actuelle sur les infrastructures hospitalières ».
Les chercheurs de Hambourg ne sont pas les premiers à tester ce genre d'approche. Entre janvier et février dernier, les biologistes du laboratoire de virologie clinique de Stanford ont réalisé 292 PCR poolées chez 2 888 habitants de la baie de San Francisco, constituant ainsi des groupes de 9 ou 10 personnes.
Seulement deux PCR poolées sur les 292 étaient positives. Des analyses complémentaires ont révélé que deux personnes de chacun de ces deux pools étaient positives. Le suivi des 290 autres PCR groupées n'a pas révélé de patient positif qui serait passé entre les mailles du filet.
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