Plusieurs mutations potentielles du Sars-CoV-2 pourraient à l'avenir rendre les tests antigéniques moins performants, selon une étude soutenue par les Instituts nationaux américains de la santé (NIH) et publiée dans la revue « Cell ». L'équipe de l'école universitaire de médecine d'Atlanta précise toutefois qu'à ce stade, les tests antigéniques commercialisés restent en mesure de dépister efficacement la présence des variants passés et actuels.
La plupart des tests antigéniques détectent la protéine de la nucléocapside N du Sars-CoV-2. Les chercheurs ont évalué 8 000 substitutions d'un acide aminé (soit 99,5 % de toutes les mutations possibles), à l'aune de l'impact qu'elles auraient sur la capacité des anticorps de 17 tests diagnostiques (issus de 11 tests commerciaux) à reconnaître leur cible, via une méthode appelée « deep mutational scanning ».
Les « profils d'échappement » de ces mutations démontrent qu'aucun des principaux variants actuellement connus n’est porteur de mutations à même de remettre en cause l'efficacité des tests antigéniques, malgré des fluctuations. « Nos données peuvent servir à choisir, pour une région donnée, les tests antigéniques les plus pertinents en fonction du variant dominant », espèrent les auteurs.
Ces travaux ont également identifié des mutations qui, si elles devaient s'imposer, réduiraient significativement la capacité de détection des tests antigéniques. « Nos résultats permettront de rapidement adapter nos moyens de détection aux nouveaux variants qui continue d'émerger », concluent les auteurs, qui reconnaissent cependant qu'ils n'ont pas, à ce jour, les moyens d'évaluer l'effet de l'apparition de plusieurs mutations simultanées.
Une baisse de la sensibilité de certains tests
Selon d'autres travaux, publiés dans le « BMJ » par des médecins néerlandais, la performance de certains tests antigéniques aurait déjà diminué avec l'arrivée des différents variants Omicron.
Ils basent leurs conclusions sur les données de 6 497 patients de 16 ans et plus qui se sont présentés avec des symptômes dans trois centres de dépistage. Il leur a été confié un autotest antigénique rapide parmi les trois modèles suivants : Flowflex (Acon Laboratories), MPBio (MP Biomedicals) et Clinitest (Siemens-Healthineers). Dans le même temps, les patients ont eu un test PCR avec un questionnaire en ligne à remplir.
La sensibilité des différents tests effectués sur prélèvement nasopharyngé était plus faible chez les 90 % de patients infectés par un variant Omicron que chez ceux infectés par un variant plus ancien : 81 % contre 87 % pour le Flowflex, 73 % contre 80 % pour MPBio et 70 % contre 83 % pour Clinitest. La baisse n'était statistiquement significative que pour MPBio.
En doublant le prélèvement nasal d'un second prélèvement oropharyngé, la sensibilité de MPBio réaugmentait à 83 % et celle de Clinitest passait à 77 % (Clinitest n'a pas été évalué). Les standards de l'OMS, qui exigent une sensibilité minimum de 80 % et une spécificité de 97 % chez les patients symptomatiques.
« Nous avons montré que la performance des tests diminue avec un autoprélèvement nasopharyngé, et peut être améliorée en doublant le test avec un deuxième prélèvement oropharyngé, concluent les chercheurs. Aussi, et après une évaluation poussée, il faut que les fabricants de tests rapides envisagent de réviser les instructions qui accompagnent leurs dispositifs pour intégrer la combinaison d'autoprélèvements oropharyngés et nasaux. »
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