Le séquençage du virus Ebola raconte l’histoire de l’épidémie

Dans le but de comprendre l’épidémie actuelle, la plus meurtrière et la première touchant les zones urbaines, des chercheurs des National Institutes of Health (NIH) ont séquencé à l’aide d’une technologie très avancée le génome de 99 virus Ebola provenant de 78 malades de Sierra Leone contaminés le premier mois de l’épidémie. Les éléments de réponse concernant l’origine et la dynamique du virus ont été publiés dans « Science ». L’équipe dirigée par le Dr Pardis Sabeti, du Broad Institute de Cambridge, qui a mis de côté ses travaux habituels sur la fièvre Lassa pour se concentrer sur l’urgence d’Ebola, suggère qu’il n’y aurait eu qu’un passage de l’animal à l’homme, avec un réservoir initial animal unique, contrairement aux multiples passages de l’animal à l’homme par le passé. Les transmissions suivantes seraient exclusivement interhumaines.

Plus de 300 modifications génétiques

La souche retrouvée en Afrique de l’Ouest se serait séparée d’une souche très proche d’Afrique centrale dès 2004, mettant en lumière un mouvement du centre vers l’ouest de l’Afrique au cours de la dernière décennie. Comme le suggère fortement une enquête en Sierra Leone, l’épidémie dans le pays proviendrait de l’introduction de deux virus génétiquement distincts venus de Guinée en même temps. Tous les sujets infectés sont censés avoir assisté au même enterrement d’un cas atteint en Guinée. Curieusement, d’après les analyses, le scénario le plus vraisemblable est celui selon lequel les participants ont été infectés dès le départ par deux virus différents, peut-être au moment des funérailles, plutôt que celui selon lequel il s’agit du même virus s’étant modifié.

Plus de 300 modifications génétiques ont été identifiées par rapport aux virus précédents. Les variations étaient fréquemment situées dans des régions codant pour des protéines. Les amorces, ces points de départ pour la synthèse d’ADN, pourraient être concernées. De nombreuses mutations sont survenues lors de la diffusion de l’épidémie, certaines dites « non synonymes ». Elles pourraient permettre au virus de s’adapter aux défenses immunitaires humaines et ainsi continuer à infecter. Ces éléments font penser qu’une surveillance génomique rapprochée du virus est nécessaire, en particulier pour évaluer les cibles vaccinales. Pour le moment, comme les auteurs l’indiquent, les données « ne permettent pas de déterminer si ces différences sont en lien avec la gravité de l’épidémie ».

« Science », publié le 28 août 2014